Il territorio di Alghero inizia la sua storia circa 6000 anni fa durante il Neolitico e prosegue lungo le fasi della preistoria che hanno interessato tutta la Sardegna; laciviltà nuragica ha eretto qui numerosi monumenti, quali le necropoli ipogeiche di Santu Pedru e di Anghelu Ruju, e i villaggi nuragici di Palmavera e di Sant'Imbenia. I Fenici, durante il IX secolo a.C., avevano instaurato proprio qui uno dei più proficui porti commerciali, favoriti dalla conformazione della costa e dalla presenza di risorse, soprattutto acqua dolce. Del periodo romano Alghero conserva poche testimonianze, come la villa romana di Santa Imbenia, il santuario lustrale della Purissima e il ponte romano sullo stagno del Calich. Nel 2007, alle pendici di Monte Carru, collina adiacente la località "La Purissima", è venuta alla luce una necropoli con oltre 400 tombe databili tra il periodo repubblicano ed imperiale.
In passato Alghero ha subìto diverse dominazioni che hanno influito profondamente sugli usi e costumi dei suoi abitanti, soprattutto per quanto riguarda la lingua, che mantiene la versione antica del catalano. Le origini della città vengono fatte risalire alla prima metà dell'XI secolo, anche se non ancora del tutto certe, con la fondazione del borgo vecchio da parte dei Doria, nobile famiglia genovese. In seguito, per la posizione strategica del borgo e per la presenza di una ricca falda acquifera sotterranea (di cui abbiamo ancora una testimonianza nei pozzi a cui si accede da alcune vecchie case del centro) furono numerosi i tentativi di impadronirsi della città: nel 1283 ci provarono i Pisani senza però riuscirvi, mentre nel 1353 venne conquistata dai catalani, guidati dal sovrano Pietro IV di Aragona il Cerimonioso, che popolò la città di catalani (alcuni sostengono fossero per la maggior parte graziati delle carceri spagnole e prostitute, ma questa tesi non ha per ora credito se non dalla stessa popolazione algherese); in quel periodo Alghero fu colpita da peste e carestia, e questo li costrinse alla resa. Nella seconda metà del XIV secolo, durante la crisi del Regno d'Aragona, Alghero rimase senza protezione, e questo diede modo alla Giudicessa Eleonora d'Arborea e a suo marito Brancaleone Doria di conquistare finalmente la città dopo anni di inutili tentativi. Nel 1492, a seguito dell'espulsione da Alghero della numerosa e ricchissima comunità ebraica, l'economia ricevette un duro colpo, a cui nel 1503 pose fine la bolla pontificia di Papa Giulio II.
Nel 1541, l'imperatore Carlo V venne in visita accompagnato dall'ammiraglio Andrea Doria, constatando le qualità che la resero così appetibile nel passato, e coniando la famosa espressione "Sed todos caballeros". Nel 1652 Alghero fu colpita nuovamente dalla peste, portata nella città da una nave catalana. Alcuni algheresi emigrarono verso altre zone della regione sperando di salvarsi, ma ottennero l'effetto di diffondere in tutto il territorio la pestilenza, che colpì duramente la regione per ben quattro anni. Nel 1720 si instaurò infine il dominio di Casa Savoia, ma Alghero, oramai di cultura catalana, rimase restìa ai cambiamenti per renderla più consona al lignaggio della casa sabauda.
Durante la Seconda guerra mondiale Alghero e dintorni vennero bombardati; la città riuscì comunque a risollevarsi. Una piccola nota riguarda il complesso di San Michele: molti algheresi, dopo aver perduto la propria abitazione durante i bombardamenti, vennero alloggiati nel collegio dei Gesuiti retrostante la chiesa, allora abbandonato: solo adesso, dopo anni di resistenza, il borgo sta per essere recuperato per essere trasformato in una corte artistica, ma le massicce opere di conversione del collegio in abitazioni hanno per sempre deturpato l'aspetto originale del palazzo, che ad un attento esame rivela ancora comunque tracce del suo passato.
Negli anni sessanta la città visse, come del resto tutta Italia, un momento di forte ripresa, accompagnato però da una forte speculazione edilizia che ha sui bastioni nei pressi di Porta a mare uno degli esempi più eclatanti, insieme ad alcuni alberghi posti sul litorale algherese.
In questo periodo vengono organizzati diversi eventi mondani tra cui l'importante manifestazione denominata "Meeting del cinema italiano" che premiava film, attori e registi con il premio "Il Riccio d'oro"[12] e l'elezione di Lady Italia e Lady Europa, con la partecipazione ed il coinvolgimento di famose personalità del mondo dello spettacolo[13][14]. Il 6 settembre del 1968 Alghero partecipa ai Giochi senza frontiere, in onda in Eurovisione, la popolare trasmissione televisiva europea di giochi tra stati dell'area del Mercato Comune Europeo. I giochi si tennero nella cittadina tedesca di Schwäbisch Hall, e la squadra capitanata dal noto funzionario locale Celio Busdraghi si è classificata terza.
Nel 1986 Alghero, visse un periodo di grande successo mediatico, grazie alla famosa canzone omonima "Alghero" (1986) di Giuni Russo.
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